5-Ethynyluridine TCI E1560

Deskripsi

5-Ethynyluridine, yang umum disingkat EU, adalah analog nukleosida uridin yang membawa gugus etinil pada posisi 5 cincin urasil. Senyawa ini merupakan reagen kunci pada penelitian biologi molekuler untuk melabeli RNA yang baru disintesis di dalam sel. Prinsip kerjanya sederhana namun elegan: sel yang diberi EU akan memasukkan analog ini ke dalam RNA yang sedang ditranskripsi, lalu gugus etinil yang tertanam di dalam RNA dideteksi melalui reaksi click dengan pewarna berlabel azida. Hasilnya adalah gambaran aktivitas transkripsi yang dapat divisualisasikan langsung.

Keunggulan yang membuat EU dipilih terletak pada ukuran gugus etinil yang sangat kecil sehingga gangguannya terhadap proses biologis minimal, serta pada selektivitas reaksi click yang nyaris tidak menyentuh gugus fungsi lain dalam sel. Pendekatan ini menggantikan metode lama berbasis nukleosida bertanda radioaktif atau antibodi, karena tidak memerlukan penanganan bahan radioaktif dan tidak menuntut denaturasi keras untuk membuka akses probe. Deteksi berbasis click juga menghasilkan sinyal yang tajam dengan latar belakang rendah, sehingga cocok untuk mikroskopi fluoresensi maupun analisis aliran sitometri. Sebagai analog uridin, EU spesifik untuk RNA, berbeda dari analog timidin yang menyasar DNA.

Di laboratorium Indonesia, reagen ini relevan bagi kelompok riset biologi molekuler, bioteknologi, virologi, onkologi, dan ilmu hayati di universitas maupun lembaga penelitian yang mengkaji regulasi ekspresi gen. Kemasan 50 miligram dan 250 miligram menyesuaikan kebutuhan kerja berbasis kultur sel, di mana reagen dipakai dalam konsentrasi mikromolar pada volume medium yang terbatas, sehingga satu kemasan kecil dapat menopang banyak percobaan.

Aplikasi Laboratorium

• Pelabelan RNA baru: EU diinkorporasi ke dalam transkrip yang sedang disintesis sehingga peneliti dapat membedakan RNA baru dari RNA yang sudah ada sebelumnya.
• Deteksi berbasis click chemistry: gugus etinilnya bereaksi dengan pewarna azida melalui CuAAC sehingga RNA bertanda dapat divisualisasikan dengan mikroskop fluoresensi.
• Pengukuran laju transkripsi global: intensitas sinyal hasil pelabelan dapat dipakai menilai perubahan aktivitas transkripsi akibat perlakuan obat, stres, atau kondisi kultur tertentu.
• Analisis aliran sitometri: sel bertanda EU dapat dikuantifikasi secara populasi untuk melihat proporsi sel dengan aktivitas transkripsi tinggi maupun rendah.
• Studi nukleosida termodifikasi: sebagai analog uridin bergugus alkuna, senyawa ini juga bermanfaat pada sintesis oligonukleotida termodifikasi dan pengembangan probe asam nukleat.

Spesifikasi

• Merek: TCI (Tokyo Chemical Industry)
• Nomor CAS: 69075-42-9
• Kategori: Chemistry > Chemical Biology > Conjugation Chemistry/Click Chemistry
• Varian/kemasan: 50 mg dan 250 mg
• Bentuk fisik: padatan/serbuk analog nukleosida
• Catatan penyimpanan: simpan dalam keadaan dingin, kering, dan terlindung cahaya; tutup rapat untuk mencegah penyerapan uap air

Penanganan dan Penyimpanan

Simpan reagen dalam wadah tertutup rapat di tempat dingin, kering, dan gelap sesuai anjuran pada label kemasan, karena analog nukleosida umumnya lebih awet pada suhu rendah. Biarkan botol mencapai suhu ruang sebelum dibuka agar uap air tidak mengembun di dalam wadah dan merusak serbuk. Gunakan spatula kering serta timbang di ruang berventilasi baik dengan sarung tangan nitril, kacamata pelindung, dan jas laboratorium. Larutan stok sebaiknya dibuat dalam pelarut yang sesuai, dibagi menjadi alikuot kecil, dan disimpan beku agar tidak mengalami siklus beku-cair berulang.

English

5-Ethynyluridine (EU), CAS 69075-42-9, is a uridine analogue bearing a terminal alkyne at the 5-position, supplied by TCI for nascent RNA labelling and click chemistry applications. Cells incorporate EU into newly transcribed RNA, and the embedded ethynyl group is then detected through copper-catalysed cycloaddition with an azide-linked fluorescent dye. Because the alkyne handle is very small and the click reaction is highly selective, the method provides bright, low-background signals without radioactive labels or harsh denaturation steps. Typical uses include fluorescence imaging of transcription, global transcription rate measurements, flow cytometry analysis, and the preparation of modified oligonucleotide probes. Available in 50 mg and 250 mg packs for cell culture scale work.

Referensi Ilmiah

• Tabata dkk. (1997). Antitumor mechanisms of 3′-ethynyluridine and 3′-ethynylcytidine as RNA synthesis inhibitors: development and characterization of 3′-ethynyluridine- resistant cells. Cancer Letters doi:10.1016/s0304-3835(97)00188-2
• Neitz dkk. (2023). A tolane-modified 5-ethynyluridine as a universal and fluorogenic photochemical DNA crosslinker. Chemical Communications doi:10.1039/d3cc03796g
• Liboska dkk. (2012). Most Anti-BrdU Antibodies React with 2′-Deoxy-5-Ethynyluridine — The Method for the Effective Suppression of This Cross-Reactivity. PLoS ONE doi:10.1371/journal.pone.0051679

Referensi dihimpun otomatis dari Crossref dan setiap DOI diverifikasi keberadaannya. AMI Scientific tidak berafiliasi dengan penulis maupun penerbit.