TCI D4220 2'-Deoxy-5-(hydroxymethyl)cytidine adalah nukleosida termodifikasi berupa deoksisitidin yang membawa gugus hidroksimetil pada posisi 5 cincin pirimidin. Senyawa ini merupakan bentuk nukleosida dari basa 5-hidroksimetilsitosin, salah satu penanda epigenetik yang muncul ketika enzim keluarga TET mengoksidasi 5-metilsitosin pada DNA. Di laboratorium, perannya adalah sebagai standar analitik dan bahan rujukan bagi peneliti yang mengukur, memvalidasi, atau menelusuri modifikasi basa DNA, sekaligus sebagai bahan awal untuk menyiapkan turunan fosforamidit maupun probe penelitian.
Sifat yang membuatnya penting adalah relevansi biologisnya yang tinggi dipadukan dengan struktur kimia yang terdefinisi jelas. Karena 5-hidroksimetilsitosin hadir dalam jumlah sangat kecil di dalam genom, kuantifikasinya sangat bergantung pada ketersediaan standar murni untuk membuat kurva kalibrasi pada analisis LC-MS/MS. Gugus hidroksimetil juga menyediakan titik reaktif yang dapat diderivatisasi lebih lanjut, misalnya untuk pelabelan selektif atau pemasangan penanda afinitas. Sebagai nukleosida, senyawa ini larut baik dalam media berair dan campuran pelarut yang lazim digunakan pada analisis kromatografi, sehingga siap dipakai tanpa persiapan rumit.
Di Indonesia, laboratorium biologi molekuler, genetika, riset kanker, dan fasilitas layanan analisis di universitas maupun lembaga penelitian nasional semakin banyak menggarap topik epigenetika. Pilihan kemasan 50 mg dan 200 mg memberi keleluasaan: ukuran kecil untuk penyiapan larutan standar analitik, dan ukuran lebih besar bila senyawa dipakai sebagai bahan awal sintesis atau untuk keperluan rutin dalam jangka panjang.
- Standar kalibrasi analisis LC-MS/MS modifikasi DNA, karena kuantifikasi 5-hidroksimetilsitosin dalam genom menuntut kurva standar dari senyawa rujukan bermutu tinggi.
- Riset epigenetika dan aktivitas enzim TET, sebab senyawa ini merupakan produk langsung jalur oksidasi 5-metilsitosin yang ingin dipantau peneliti.
- Bahan awal sintesis fosforamidit termodifikasi, karena gugus hidroksil pada nukleosida dapat dilindungi dan diaktifkan untuk sintesis oligonukleotida.
- Pembuatan oligonukleotida bertanda untuk uji fungsional, mengingat penyisipan basa termodifikasi diperlukan guna menguji pengenalan protein terhadap DNA teroksidasi.
- Studi metabolisme dan perbaikan DNA, karena senyawa ini menjadi pembanding penting saat menelusuri nasib basa termodifikasi di dalam sel maupun jaringan.
| Merek | TCI |
|---|---|
| Nomor CAS | 7226-77-9 |
| Rumus molekul | — |
| Kemurnian | — |
| Kategori | Chemistry > Chemical Biology > Nucleic Acid Chemistry |
| Ukuran kemasan | 50 mg dan 200 mg |
| Bentuk fisik | padatan/serbuk pada suhu ruang; rujuk label dan Certificate of Analysis tiap lot |
| Penyimpanan | disarankan disimpan dingin, kering, tertutup rapat, terlindung cahaya |
Simpan senyawa dalam wadah aslinya yang tertutup rapat di lemari pendingin atau pembeku sesuai anjuran label, dengan perlindungan terhadap kelembapan dan cahaya. Biarkan wadah menyesuaikan diri dengan suhu ruang sebelum dibuka agar tidak terjadi kondensasi yang membuat serbuk menggumpal dan mengganggu ketelitian penimbangan. Gunakan spatula bersih dan kering serta timbangan analitik yang terkalibrasi, terutama bila senyawa dipakai sebagai standar kuantitatif. Larutan induk sebaiknya dibagi dalam alikuot kecil sekali pakai dan disimpan beku, lalu diberi label tanggal pembuatan. Kenakan sarung tangan, kacamata pengaman, dan jas laboratorium selama penanganan.
—
